COVID-19 : les généticiens critiquent les mauvais efforts de séquençage aux États-Unis

• Le séquençage génétique du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, est essentiel pour suivre la propagation des variantes existantes et identifier rapidement de nouvelles variantes préoccupantes.
• Écrivant dans la revue PLOS Genetics, les scientifiques affirment que les États-Unis n’ont pas contribué de manière adéquate à ces efforts de surveillance mondiale.
• Ils accusent une mauvaise coordination centrale et, jusqu’à récemment, un manque de financement.

“Connais ton ennemi” est le mantra des généraux au moins depuis le 5ème siècle avant JC, lorsque le stratège militaire chinois Sun Tzu a inventé l’expression dans L’art de la guerre.

Le principe est tout aussi important lorsque votre ennemi est un virus en évolution rapide qui a coûté la vie à plus de 4 millions de personnes dans le monde.

Traditionnellement, la surveillance des maladies infectieuses par les organismes publics, tels que l’Organisation mondiale de la santé (OMS) et les Centers for Disease Control and Prevention (CDC), s’est concentrée sur des données telles que le nombre de cas, les hospitalisations et les décès.

Plus récemment, cependant, le séquençage rapide du génome a permis aux experts en santé publique d’étudier la variation entre les agents pathogènes jusqu’au niveau de leurs bases d’ADN ou d’ARN, qui sont les lettres chimiques du code génétique.

Cependant, selon les généticiens des populations de la Case Western Reserve University à Cleveland, OH, certains pays ont négligé cette ligne d’information vitale pendant la pandémie de COVID-19.

“Malgré la disponibilité et l’omniprésence du séquençage dans plusieurs pays, l’adoption de la génomique comme stratégie de surveillance des agents pathogènes a été lente, difficile et incohérente”, écrit Dana Crawford, Ph.D. et Scott Williams, Ph.D., dans la revue PLOS Genetics.

Les scientifiques, qui travaillent au Département des sciences de la population et de la santé quantitative de l’université, citent les États-Unis pour une critique particulière.

“Pour un pays qui a dirigé le séquençage du génome humain il y a plus de 20 ans, le manque d’accumulation de données de séquençage au milieu de cette pandémie est incroyable et problématique”, écrivent-ils.

Ils notent que le pays a la capacité et l’expertise pour effectuer le travail de séquençage nécessaire, mais ces ressources sont restées “relativement dormantes” jusqu’à récemment.

Par exemple, il y a eu moins de 7 000 nouvelles séquences du virus dans la semaine du 6 mars 2021, sur plus de 415 000 nouveaux cas enregistrés dans la même semaine.

Manque « choquant » de coordination

“Pour ceux d’entre nous dans la génétique humaine et la génomique, la capacité et l’expertise de séquençage des États-Unis n’ont jamais été remises en question”, a déclaré le professeur Crawford à Medical News Today.

“Nous avons été choqués par l’absence de tout effort coordonné jusqu’à près d’un an après le début de la pandémie.”

Ils écrivent qu’au début d’avril 2021, les États-Unis se classaient au 33e rang mondial en termes de pourcentage de cas de COVID-19 séquencés, contre 36e quelques semaines plus tôt.

D’autres experts ont cité un financement insuffisant, le manque de moyens solides de suivre les échantillons et de partager des données, et des réglementations strictes sur la façon dont cela peut être fait, comme raisons possibles du manque à gagner.

“Ces variables, qui ne sont pas uniques aux États-Unis, ont été traitées avec succès par d’autres pays, tels que le Danemark et le Royaume-Uni”, écrivent les professeurs. Crawford et Williams.

Le professeur Crawford a reconnu que l’approche décentralisée, publique et privée des soins de santé aux États-Unis – contrairement au National Health Service (NHS) du Royaume-Uni – était en partie à blâmer.

“[W]Bien que l’approche américaine des soins de santé puisse être un facteur majeur, il en va de même de la quasi-absence de collaboration explicite et d’investissement dans la génétique et la génomique humaines par la principale agence de santé publique du pays », a déclaré le professeur Crawford à MNT.

Les deux généticiens écrivent dans leur article que ce biais au sein des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) a créé un « trou béant » dans notre compréhension de l’évolution du COVID-19.

Contrairement à «l’approche relativement non coordonnée et archaïque» de la surveillance génomique du SRAS-CoV-2 aux États-Unis, ils écrivent que les programmes réussis de surveillance du séquençage de la santé publique ailleurs ont adopté la technologie au début de la pandémie.

La Chine a publié la première séquence du SRAS-CoV-2 en février 2020, qui a permis des comparaisons de séquences à mesure que le virus évoluait et le développement sans précédent de vaccins.

Le Royaume-Uni a formé le COVID-19 Genomics UK Consortium en avril 2020 et a depuis enregistré plus de 650 000 séquences.

Injection de fonds supplémentaires

Les auteurs écrivent que bien que le financement ait entravé les premiers efforts aux États-Unis, en février 2021, le CDC a engagé plus de 200 millions de dollars pour le séquençage.

En avril 2021, la Maison Blanche a annoncé une injection supplémentaire de 1 milliard de dollars de fonds pour augmenter la capacité de séquençage.

Le problème majeur maintenant est que les États-Unis ne disposent pas d’une cohorte d’individus organisée et continue basée sur la population qu’ils peuvent utiliser pour les études COVID-19, déclarent les professeurs. Crawford et Williams.

Ils écrivent:

« L’accès aux données est cloisonné et les échantillons sont conservés (ou rejetés) par une pléthore de laboratoires déconnectés, à la fois publics et privés. Cette balkanisation des efforts de santé publique et de dépistage n’a pas seulement ralenti le processus ; cela a considérablement augmenté les dépenses.

En revanche, le Royaume-Uni a pu s’appuyer sur la UK Biobank, une base de données biomédicale établie de longue date contenant des informations génétiques et de santé provenant d’un demi-million de personnes.

“Une question évidente est de savoir quelle est l’histoire naturelle de COVID-19 parmi les variantes de séquence cliniquement”, a déclaré le professeur Christopher Chute, MD, de la Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health.

Le professeur Chute fait partie du National COVID Cohort Collaborative (N3C), un consortium établi aux États-Unis en janvier 2021 pour mettre en commun les données des dossiers de santé électroniques.

« Étant donné que le N3C couvre une fraction relativement faible des cas de COVID-19, bien qu’il s’agisse du plus grand référentiel de cas de COVID-19 aux États-Unis, davantage de séquences donneraient plus de corrélation clinique », a déclaré le professeur Chute à MNT.

Profs. Crawford et Williams reconnaissent que les comparaisons entre les États-Unis et d’autres pays sont « quelque peu injustes » étant donné que sa réponse à la pandémie a commencé « sous une administration qui a depuis été remplacée ».

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