COVID-19 : Omicron a-t-il évolué chez la souris ?

• L’origine de la variante Omicron du SRAS-CoV-2 est incertaine car elle contient un grand nombre de mutations qui sont rares dans d’autres variantes humaines connues.
• La théorie la plus répandue est qu’Omicron a évolué au cours d’une infection prolongée d’un individu dont le système immunitaire est affaibli.
• Les scientifiques de l’Académie chinoise des sciences rapportent maintenant qu’ils ont trouvé un modèle de mutations dans Omicron qui est typique d’un virus qui a infecté des souris.
• Ils pensent que le SRAS-CoV-2 est passé d’un humain à une souris à la mi-2020, puis est redevenu un humain à la fin de 2021.
• Ils disent qu’il est peu probable que l’hôte intermédiaire soit une souris de laboratoire.

Le 24 novembre 2021, des scientifiques d’Afrique du Sud ont révélé qu’ils avaient découvert une nouvelle variante inquiétante du SRAS-CoV-2.

Ils ont signalé que la variante se propageait très rapidement en Afrique australe et contenait un grand nombre de mutations inhabituelles susceptibles de rendre le virus plus infectieux que les variantes précédentes.

Quelques jours après l’annonce des scientifiques, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré que la nouvelle variante, appelée Omicron, était une variante préoccupante.

Confirmant les premières craintes des scientifiques, début janvier 2022, Omicron provoquait une augmentation sans précédent du nombre de cas dans le monde.

Bon nombre des mutations identifiées par les experts de la santé dans Omicron sont rares parmi les variantes précédemment séquencées du virus.

Cela présente un casse-tête pour les scientifiques car il n’y a pas de variantes intermédiaires connues pour révéler comment Omicron a évolué. C’est presque comme si la nouvelle variante était apparue “de nulle part”.

Il existe trois théories alternatives pour l’origine d’Omicron :

• La variante a évolué sans être détectée dans une population quelque part dans le monde où il y avait peu de surveillance et de séquençage du COVID-19.
• Il a évolué chez une personne qui est restée avec l’infection pendant une période inhabituellement longue parce que son immunité était compromise, peut-être à la suite d’une infection concomitante par le VIH ou d’un traitement avec un médicament immunosuppresseur.
• Il a évolué dans une population animale avant qu’un humain n’acquière le virus.

La deuxième théorie est la plus populaire parmi les virologues et les épidémiologistes.

Cependant, certains experts ont fait valoir que d’autres virus, tels que le virus de la grippe, ont tendance à devenir moins infectieux au fil du temps chez les personnes dont le système immunitaire est affaibli.

Ils citent des preuves que, bien que ces virus évoluent en s’adaptant au système immunitaire de leur hôte, ils accumulent d’autres mutations qui les rendent moins capables de provoquer des infections chez d’autres personnes.

Cependant, Omicron semble être plus infectieux que toutes les variantes connues auparavant.

Signature de mutation de souris

Des chercheurs de l’Académie chinoise des sciences de Pékin ont maintenant trouvé des preuves qu’Omicron pourrait avoir développé sa vaste collection de mutations inhabituelles chez la souris.

Ils pensent qu’une variante antérieure, de la lignée connue sous le nom de B.1.1, est passée d’un humain à une souris à la mi-2020. Au fil du temps, il a développé une gamme d’adaptations à son nouvel hôte avant de provoquer une infection chez un autre humain à la fin de 2021.

Ils ont identifié 45 « mutations ponctuelles » dans l’ARN d’Omicron qui, selon eux, se sont produites après la séparation du variant de son dernier ancêtre commun connu chez l’homme.

Les mutations ponctuelles sont des substitutions de lettres chimiques uniques, appelées bases, dans le code génétique à quatre lettres.

Des recherches antérieures suggèrent que les virus à ARN ont tendance à capter plus de mutations dans des bases particulières, en fonction de l’hôte animal dans lequel ils se répliquent.

À l’aide de ces connaissances, les auteurs du nouvel article ont précédemment identifié la « signature » de la mutation de différents hôtes animaux du SRAS-CoV-2.

Leur nouvelle étude a révélé que la fréquence relative des nouvelles mutations ponctuelles dans Omicron est caractéristique de l’évolution chez un hôte souris plutôt qu’un hôte humain.

Ils ont découvert que la signature de mutation d’Omicron est différente de plusieurs variantes connues pour avoir évolué chez l’homme, y compris trois variantes isolées de patients atteints de COVID-19 chronique.

Les scientifiques ont également découvert que plusieurs mutations de la protéine de pointe d’Omicron, que le SRAS-CoV-2 utilise pour provoquer une infection dans les cellules hôtes, aident le virus à se lier plus étroitement à son récepteur cible chez la souris.

Ils ont publié leurs découvertes dans le Journal of Genetics and Genomics.

Dans l’article, ils concluent :

« Collectivement, nos résultats suggèrent que l’ancêtre d’Omicron est passé de l’homme à la souris, a rapidement accumulé des mutations propices à l’infection de cet hôte, puis est revenu à l’homme, indiquant une trajectoire évolutive inter-espèces pour l’épidémie d’Omicron. »

Souris sauvages ou souris de laboratoire ?

Le biologiste Matt Ridley, auteur de Viral: The Search for the Origin of COVID-19, a répondu à l’étude sur Twitter :

« On dirait qu’Omicron s’est développé à partir d’une variante humaine chez une souris. La question est : quelles souris et où ? Des souris domestiques dans les maisons ? Ou des souris de laboratoire dans les laboratoires ? »

“Nous pensons qu’Omicron a probablement évolué dans une population de souris sauvages”, a déclaré à Medical News Today l’auteur principal de l’étude, Wenfeng Qian, Ph.D..

Il a déclaré que les mutations de la protéine de pointe d’Omicron se chevauchaient de manière significative avec les mutations des virus du SRAS-CoV-2 qui se sont adaptés à un hôte souris.

Cependant, 18 mutations sur un total de 25 dans le pic Omicron n’étaient présentes dans aucun des virus du SRAS-CoV-2 qu’ils ont étudiés et qui étaient adaptés aux souris de laboratoire.

En outre, il a souligné qu’Omicron semble avoir divergé de la lignée B.1.1, avec laquelle il partage sept mutations.

“Il est peu plausible qu’un laboratoire utilise une variante B.1.1 pour ses expériences d’adaptation de souris”, a-t-il commenté. Au lieu de cela, il a déclaré qu’ils utiliseraient très probablement une souche de SRAS-CoV-2 que les chercheurs ont séquencée au début de la pandémie, connue sous le nom de Wuhan-Hu-1.

Le biologiste évolutionniste Mike Worobey, Ph.D., de l’Université de l’Arizona à Tucson, a déclaré que la théorie la plus plausible restait qu’Omicron avait évolué chez un patient immunodéprimé avec une [SARS-CoV-2] infection.

« Je pense que leur approche est vraiment intéressante, mais je pense toujours qu’il est plus probable que la gamme inhabituelle de mutations dans Omicron se soit produite chez un humain chronique [with the infection]», a-t-il déclaré à MNT.

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