Séquences cis-régulatrices indiquant un risque de carcinome du nasopharynx identifiées
Les recherches menées par le Sun Yat-sen University Cancer Center en Chine ont mis en évidence les risques génétiques du carcinome du nasopharynx. Dans un article intitulé “Identification à haut débit d’éléments régulateurs et d’essais fonctionnels pour découvrir des gènes de susceptibilité au carcinome du nasopharynx” publié dans Le Journal américain de génétique humainel’équipe internationale a appliqué plusieurs approches génomiques pour identifier les gènes essentiels au développement du carcinome du nasopharynx.
Le carcinome nasopharyngé (NPC) est une tumeur maligne agressive qui prend naissance dans la partie supérieure de la gorge derrière le nez et est associée à une infection par le virus Epstein-Barr, un membre de la famille des virus de l’herpès qui provoque la mononucléose ou “mono”. Les infections à Epstein-Barr sont mondiales et si courantes que la plupart des humains sont infectés par le virus à un moment donné.
Le virus Epstein-Barr a été associé à un risque de NPC, avec un facteur de risque accru pour les personnes d’origine chinoise. L’incidence de NPC est la plus élevée en Asie de l’Est et du Sud-Est, représentant 77% des nouveaux cas de NPC dans le monde, ce qui implique un aspect de risque génétique robuste pour le développement de la maladie.
Des travaux antérieurs de l’équipe et d’autres instituts de recherche avaient identifié de nombreuses associations génétiques avec les NPC. Le filet jeté par ces études précédentes était large, laissant des mécanismes pathologiques spécifiques cachés dans le vaste réseau d’interactions.
L’étude actuelle a effectué des associations génétiques en combinant 6 907 cas et 10 472 témoins pour identifier des locus de susceptibilité supplémentaires aux NPC. Les résultats suggèrent que les gènes PHF2 et CDKN2B-AS1 peuvent jouer un rôle essentiel dans le développement des NPC et mettent en évidence l’importance de la voie de réparation des dommages à l’ADN.
L’étude a intégré des études épidémiologiques avec le profilage génomique et des expériences pour fournir des preuves plus approfondies de l’association entre les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) et la sensibilité aux NPC. Ils ont découvert que les séquences cis-régulatrices présentent une activité régulatrice différente lorsqu’elles hébergent des allèles à risque ou protecteurs de SNP.
Les séquences cis-régulatrices, telles que les amplificateurs et les promoteurs, peuvent contrôler la physiologie en régulant l’accès aux gènes affectant quand et avec quel niveau d’intensité les gènes sont exprimés.
Les allèles à risque identifiés réduisaient l’activité activatrice d’un élément régulateur, inhibant l’expression du gène cible PHF2. La réduction de PHF2 a favorisé la prolifération cellulaire et la clonogénicité, suggérant son rôle de suppresseur de tumeur dans le NPC.
Les allèles à risque dans le même locus ont augmenté l’activité activatrice d’un autre élément régulateur, conduisant à une expression plus élevée de CDKN2B-AS1. La surexpression de CDKN2B-AS1 a favorisé la prolifération cellulaire et la clonogénicité, indiquant son rôle oncogène dans NPC.
Les chercheurs suggèrent que les SNP identifiés pourraient être utilisés comme biomarqueurs pour la prédiction du risque de NPC et qu’une enquête plus approfondie est justifiée pour élucider le mécanisme moléculaire des gènes de susceptibilité identifiés.
