Un niveau frappant de nouveauté génomique découvert dans le microbiome des chasseurs-cueilleurs de Hadza
Une étude génomique menée par des chercheurs de l’Université de Stanford, en Californie, a réalisé un séquençage métagénomique ultra-profond de 351 échantillons fécaux provenant des chasseurs-cueilleurs Hadza de Tanzanie. Dans leur article intitulé « Le séquençage ultra-profond des chasseurs-cueilleurs Hadza récupère les microbes intestinaux en voie de disparition », publié dans Cellulel’équipe détaille sa collecte et son identification de l’ensemble le plus complet de données de séquençage du microbiome intestinal provenant d’une population de chasseurs-cueilleurs.
La composition du microbiome peut varier considérablement dans le monde entier, en fonction du régime alimentaire local et du contact avec l’environnement. Les études sur le microbiome sont fortement biaisées en faveur des populations industrialisées occidentales présentant une faible diversité microbiologique. On pense que la faible diversité est due à la consommation d’aliments hautement transformés, à l’utilisation plus fréquente d’antibiotiques, aux taux de césarienne, aux niveaux d’hygiène et à la réduction des contacts physiques avec les animaux et le sol.
Cette association causale est étayée par l’examen de populations non industrialisées, notamment de chasseurs-cueilleurs, présentant une diversité microbiologique extrêmement élevée. Cela peut également être observé dans le microbiome altéré des immigrants des zones non industrialisées vers les cultures occidentales industrialisées comme une transition vers une plus faible diversité du microbiome.
Une analyse antérieure d’anciens coprolites humains montre que les microbiomes anciens ressemblent plus à la grande diversité du microbiome non industrialisé moderne qu’à celui industrialisé.
Ces lignées microbiennes associées à l’homme ont été transmises à travers les générations d’hominidés au cours d’une évolution profonde, et sachant que le microbiote intestinal joue un rôle essentiel dans la santé humaine, cela suggère que les aspects désormais manquants du microbiome industrialisé entraînent une perte des fonctions fournies par ces microbes.
Le peuple Hadza dans la présente étude vit dans la vallée centrale du Rift en Tanzanie dans des camps d’environ cinq à 30 personnes. Les individus se déplacent entre les camps environ tous les quatre mois. Ils boivent principalement des sources d’eau et des ruisseaux et ont un régime alimentaire composé de tubercules, de baies, de miel et d’animaux chassés.
Le séquençage métagénomique a été réalisé sur des échantillons de selles prélevés auprès de 167 individus Hadza. Plus de la moitié (59,7 %) des 8,4 millions de familles de protéines trouvées dans les microbes intestinaux Hadza sont absentes de la base de données Unified Human Gastrointestinal Protein. Les espèces bactériennes et virales trouvées dans les microbiomes augmentent d’environ 24 % le catalogue mondial du microbiote connu.
Pour une comparaison locale, l’équipe a comparé les résultats avec ceux des Californiens adultes et a constaté que même si le microbiome intestinal moyen des adultes Hadza contient 730 espèces, il n’y avait que 277 espèces dans le microbiome intestinal californien.
Les auteurs déclarent : « Un défi important consiste à caractériser l’impact de ces microbes sur la physiologie humaine et à déterminer dans quels contextes l’absence ou la présence d’espèces et de fonctions sont bénéfiques ou préjudiciables à la santé humaine. »
Il sera fascinant de connaître les impacts du manque de diversité sur les métabolismes occidentaux ou quelles maladies, le cas échéant, les populations Hadza évitent grâce à cette forte diversité. Il est peu probable que le microbiote manquant dans les populations industrialisées soit là sans raison, même s’il se pourrait simplement que les raisons ne s’appliquent plus.
Grâce aux efforts actuels, les futurs chercheurs disposent de nombreux nouveaux mystères à résoudre et d’un ensemble de données séquencées ultra approfondies pour guider leurs questionnements.
