Une étude met en lumière les bactéries associées à la naissance prématurée

Une étude met en lumière les bactéries associées à la naissance prématurée

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Des chercheurs de l’Université d’État de Caroline du Nord ont découvert que plusieurs espèces de Gardnerella, des bactéries parfois associées à la vaginose bactérienne (VB) et à l’accouchement prématuré, peuvent coexister dans le même microbiome vaginal. Les résultats, publiés dans mSystèmesajoutent au tableau émergent des effets de Gardnerella sur la santé humaine.

Gardnerella est un groupe de bactéries anaérobies que l'on trouve couramment dans le microbiome vaginal. Des niveaux plus élevés de bactéries sont une signature de la VB et sont associés à un risque plus élevé d'accouchement prématuré, mais on les retrouve également chez les femmes qui ne présentent aucun signe de maladie.

“Nous essayions de comprendre la diversité au sein de Gardnerella”, explique Ben Callahan, professeur agrégé de santé des populations et de pathobiologie à NC State et auteur correspondant du travail.

“Les scientifiques n'ont commencé que récemment à examiner les espèces individuelles de Gardnerella, nous ne savons donc pas encore si différentes espèces pourraient avoir des effets différents sur la santé. Notre objectif principal était donc d'explorer l'écologie de Gardnerella.”

Le défi unique du séquençage du microbiome vaginal est que tous les échantillons seront principalement composés de l'ADN de l'hôte, ce qui rend l'extraction de données microbiennes plus coûteuse et plus longue. Le premier travail de l’équipe de recherche consistait à établir une méthodologie leur permettant d’identifier des espèces distinctes de Gardnerella à partir des données du microbiome.

“Les outils disponibles pour étudier le microbiome vaginal considéreraient toutes les Gardnerella comme la même espèce”, explique Hanna Berman, chercheuse postdoctorale à NC State et auteur principal des travaux. “Pour pouvoir réaliser ce travail, nous avons dû créer notre propre base de données des génomes de Gardnerella et concevoir une méthode pour identifier les différentes espèces de Gardnerella. Espérons que cela permettra également à davantage de chercheurs d'étudier la diversité de Gardnerella.”

L'équipe de recherche a examiné les données de séquençage de trois cohortes : deux populations aléatoires de femmes enceintes et une population ayant des antécédents d'accouchement prématuré. Ils ont analysé les séquences métagénomiques de Gardnerella à partir des échantillons pour voir s'il existait une relation entre une espèce particulière de Gardnerella et une naissance prématurée.

Bien qu’ils n’aient pas trouvé de « preuve irréfutable », ils ont néanmoins fait deux découvertes surprenantes.

Premièrement, ils ont identifié une 14e espèce potentielle de Gardnerella parmi les échantillons. Avant ces travaux, seules 13 espèces avaient été identifiées.

Ils ont également constaté que dans la majorité des échantillons dans lesquels Gardnerella était présente, plusieurs espèces de Gardnerella coexistaient dans le même microbiome : entre deux et autant que les 14 espèces connues de Gardnerella ont été trouvées dans des échantillons uniques.

“Normalement, si une espèce de bactérie a colonisé un environnement, nous nous attendons à ce qu'elle exclue ses proches parents qui occuperaient la même niche environnementale et consommeraient les mêmes ressources”, explique Callahan. “Je dis souvent qu'avec les bactéries, tout est possible, mais cela reste inhabituel. Nous avons également vu que lorsque la charge microbienne globale est plus élevée, Gardnerella représente une proportion plus élevée de la charge microbienne.

“Les preuves continuent de s'accumuler selon lesquelles Gardnerella a une association avec la naissance prématurée, mais les détails de cette relation sont compliqués. Dans ce travail, nous n'avons pas trouvé une seule mauvaise espèce de Gardnerella – elles peuvent toutes être mauvaises. C'est loin d'être le cas. la fin de l'histoire.”

Les chercheurs espèrent approfondir les questions de coexistence des espèces et de composition du microbiome dans de futurs travaux.

“Le microbiome vaginal a été peu étudié”, explique Callahan. “Par exemple, il est souvent dominé par une espèce de Lactobacillus, ce qui crée un environnement qui exclut les autres bactéries. Lorsqu'elle n'est pas là, Gardnerella l'est. Alors, comment les bactéries interagissent-elles ?

“Répondre à ces questions pourrait conduire à des traitements plus efficaces contre la VB et à des moyens de prédire et d'éviter les naissances prématurées. Ce travail constitue une étape importante dans ce processus.”

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