Une étude montre une nouvelle voie pour l'émergence de souches de coronavirus dangereuses

3 fois) le PHBR sont signées. Les sites qui ne se sont liés à aucun des allèles HLA du patient à la fois dans les états ancestraux et dérivés ne sont pas représentés. d Comparaison des scores imBR pour les sites mutés dans leurs états ancestraux et dérivés (n = 11). Le niveau de signification est calculé par le test bilatéral de Wilcoxon exact du signe-rang : Statistique du test V = 0, valeur de p = 0,0009766, intervalle de confiance à 95 % : [−11.7835; −0.3065], estimations médianes −4,647. Les lignes horizontales dans une boîte à moustaches représentent les minima, le premier quartile, la médiane, le troisième quartile et les maxima. Crédit : Nature Communications (2023). DOI : 10.1038/s41467-022-34033-x” width=”800″ height=”432″>

Le système immunitaire combat le coronavirus avec des anticorps et des lymphocytes T. Les scientifiques ont une assez bonne idée de la façon dont le virus évite les anticorps, y compris ceux promus par la vaccination, c’est ainsi que des variantes préoccupantes telles que l’omicron sont connues pour apparaître. L’évasion des lymphocytes T, en revanche, est restée mal comprise.

Maintenant, les chercheurs de Skoltech et leurs collègues rapportent des mutations permettant l’échappement des lymphocytes T, qui sont apparues chez un patient dont l’immunité est compromise. Selon leur article dans Communication Natureil s’agit d’une nouvelle source de souches mutantes dangereuses.

Pour que les anticorps et les cellules T fonctionnent, ils doivent être capables de retenir la particule virale en utilisant ce qu’on appelle un antigène. Cela fait référence à une molécule constitutive, telle qu’une protéine ou un peptide, qui caractérise ce pathogène. Les antigènes sont présentés (rendus accessibles) au système immunitaire par des molécules spécialisées de présentation d’antigènes. Maintenant, le virus embêtant lui-même évolue constamment, entraînant des changements de forme qui peuvent altérer la région contenant l’antigène, le rendant difficile ou impossible à saisir.

Le suivi des mutations qui permettent au SRAS-CoV-2, le virus responsable du COVID-19, d’éviter la réponse immunitaire est crucial pour comprendre, surveiller et contrôler la pandémie. Mais alors que les mutants capables d’échapper aux anticorps sont largement sur le radar des scientifiques et dans l’actualité, nous sommes restés dans l’ignorance des adaptations virales à l’immunité des lymphocytes T.

“Pour voir si le virus évolue, nous avons analysé le cas d’une patiente atteinte de COVID pendant 318 jours. Elle recevait simultanément un traitement contre le cancer qui supprime la production d’anticorps comme effet secondaire. Cela nous a permis d’observer la réponse des lymphocytes T et le virus. s’y adapter de manière isolée », a commenté le professeur Georgii Bazykin de Skoltech Bio, le chercheur principal de l’étude. “Et en effet, l’analyse bioinformatique a révélé qu’au cours de cette longue maladie, le virus a accumulé précisément les mutations qui ont empêché les cellules T du patient de le reconnaître.”

Il a expliqué que les chercheurs le savent parce que l’immunité des lymphocytes T de chaque personne est différente. La façon dont les cellules T fonctionnent est qu’elles parcourent l’ensemble des “clés” à leur disposition jusqu’à ce qu’elles puissent en enfoncer une dans la “serrure”, c’est-à-dire la surface de l’antigène affichée par les molécules présentatrices d’antigène. Ce qui se passe, c’est que la serrure continue de changer de forme, et à un moment donné, aucune clé ne s’adapte et la mutation qui a provoqué cela se poursuit.

De plus, les mutations virales peuvent compliquer la recherche de la bonne clé ou permettre à l’antigène d’éviter d’être défilé par les molécules de présentation. De telles mutations sont avantageuses pour le virus et sont donc perpétuées par la sélection naturelle. Étant donné que l’ensemble de clés (récepteurs des lymphocytes T) et les molécules de présentation varient d’une personne à l’autre, les chercheurs ont pu démontrer que le virus chez la patiente a en fait développé des adaptations à son immunité au lieu d’acquérir des mutations au hasard.

Maintenant, ces adaptations sont-elles une préoccupation pour les patients COVID individuels de longue durée dont l’immunité est compromise, ou sont-elles une menace mondiale potentielle ? Pour régler cela, les chercheurs ont analysé dans quelle mesure la résistance aux lymphocytes T avec l’ensemble particulier de molécules de présentation caractéristiques du patient étudié protégeait également le virus de toute la diversité de la réponse des lymphocytes T représentée par la population mondiale. Il s’est avéré que les mutations d’échappement des cellules T découvertes étaient en effet d’un type qui aiderait le virus à invalider bon nombre des molécules présentatrices d’antigènes les plus répandues de l’humanité.

Les résultats rendent d’autant plus pertinente la préoccupation selon laquelle lorsque le virus est laissé à lui-même pendant une longue période chez un patient, il est susceptible de développer des mutations étranges. Si la nouvelle souche dangereuse échappe alors au patient en infectant d’autres individus, cela pourrait déclencher l’apparition d’une nouvelle variante préoccupante. Et nous savons maintenant que des souches résistantes à l’immunité basée sur les lymphocytes T pourraient également émerger de cette façon, en plus de celles qui évitent les anticorps produits en réponse à la vaccination ou à une infection naturelle.

“Jusqu’à présent, il est difficile de juger dans quelle mesure ces souches mutantes potentielles sont dangereuses, mais nous continuerons à enquêter sur la question pour le savoir”, a déclaré Bazykin.