Origines du COVID-19 : les virus les plus proches du SARS-CoV-2 trouvés au Laos

• De nombreuses théories existent autour des origines du virus SARS-CoV-2, qui cause le COVID-19, mais aucune n’a encore été prouvée.
• Certaines parties du génome du virus SARS-CoV-2 sont si inhabituelles qu’elles ont donné lieu à des théories du complot selon lesquelles le virus aurait dû être développé en laboratoire.
• Les chercheurs ont maintenant découvert chez les chauves-souris vivant dans des grottes au Laos souches de virus si similaires au SRAS-CoV-2 qu’ils pensent pouvoir infecter les humains.
• Cette découverte pourrait prouver les origines naturelles de la pandémie de COVID-19 et que la transmission directe du virus de la chauve-souris à l’homme est une cause possible de la pandémie.

Depuis que le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, a été détecté pour la première fois à Wuhan, en Chine, en décembre 2019, des efforts mondiaux ont été déployés pour déterminer ses origines.

Comme la pandémie était censée provenir de Wuhan, de nombreux efforts se sont concentrés sur la Chine, en supposant que, comme le virus y a été détecté pour la première fois, il a probablement commencé là-bas.

Maintenant, deux articles en cours d’examen par la revue Nature et publiés en tant que prépublications jettent un doute sur ces hypothèses et indiquent que pour découvrir les origines du virus, les chercheurs devront peut-être chercher plus loin.

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Infecter les cellules humaines

L’une des raisons pour lesquelles le SRAS-CoV-2 est si infectieux est une région sur sa protéine de pointe qui lui donne sa capacité à se lier à un récepteur présent à la surface de nombreuses cellules humaines appelées ACE2.

Dans un article soumis à Nature, des chercheurs de l’Institut Pasteur de Paris, en France, et du Laos ont maintenant signalé la découverte de virus avec des domaines de liaison aux récepteurs très similaires à ceux trouvés sur le SRAS-CoV-2 chez les chauves-souris des cavernes au nord du Laos.

Les chercheurs ont prélevé des échantillons de sang, de salive, d’excréments anaux et d’urine de 645 chauves-souris de 46 espèces différentes trouvées dans des grottes calcaires du nord du Laos, près de la frontière sud-ouest de la Chine.

Ils ont découvert trois souches virales distinctes chez trois espèces différentes de chauve-souris Rhinolophus, communément appelée chauve-souris en fer à cheval. Le séquençage de l’ARN a révélé que ces virus étaient identiques à plus de 95 % au SARS-CoV-2, et l’un, le virus le plus proche du SARS-CoV-2 trouvé jusqu’à présent, était similaire à 96,8 %.

D’autres expériences ont montré que le domaine de liaison au récepteur des virus avait une affinité élevée pour les récepteurs ACE2 humains. Cela était comparable à l’affinité des souches de SRAS-CoV-2 que les scientifiques ont découvertes au début de la pandémie, suggérant que ces virus pourraient infecter directement les humains.

L’année dernière, des scientifiques ont détecté un virus similaire dans le Yunnan, dans le sud-ouest de la Chine. Il était similaire à 96,1% au SRAS-CoV-2, ce qui signifie que le présent article décrit le virus le plus proche détecté à ce jour.

Le professeur Edward Holmes de l’Université de Sydney, en Australie, qui a étudié l’émergence et la propagation du SRAS-CoV-2 mais n’était pas impliqué dans cette recherche, a déclaré à Medical News Today que l’article était « vraiment important ».

« À mon avis, ces virus ne seront pas seulement trouvés chez les chauves-souris et les pangolins. L’écologie n’est pas comme ça. Je soupçonne qu’ils seront également trouvés dans d’autres espèces de mammifères, mais n’ont pas encore été échantillonnés », a déclaré le professeur Holmes.

« Certains de ces virus laotiens sont extrêmement proches du SRAS-CoV-2 dans le domaine clé de liaison aux récepteurs (partie de la protéine de pointe) du virus. Cela signifie que le noyau fonctionnel du virus existe dans la nature, il n’est donc pas nécessaire de penser que le virus a été créé ou adapté d’une manière ou d’une autre dans un laboratoire. »

– Pr Edward Holmes

Pas le « virus chinois » après tout ?

Un doute supplémentaire a été jeté sur l’hypothèse que le virus responsable de la pandémie de COVID-19 est originaire de Wuhan avec une autre préimpression soumise à Nature.

Une étude menée par une équipe de l’Académie chinoise des sciences médicales et du Collège médical de l’Union de Pékin à Pékin a suggéré que les virus liés au SRAS-CoV-2 sont « extrêmement rares » chez les chauves-souris en Chine, après avoir prélevé des écouvillonnages nasaux et anaux sur plus de 13 000 chauves-souris. entre 2016 et 2021 dans 703 emplacements à travers le pays.

Le document a également montré que le SRAS-CoV-2 était indétectable dans des échantillons prélevés sur le marché de Wuhan Huanan, 40 jours après la fermeture du marché, ce qui était dû aux craintes que l’événement d’infection initial ne s’y soit produit.

Les auteurs concluent que des recherches supplémentaires devraient être menées au sud et au sud-ouest de la Chine pour déterminer si le virus du SRAS-CoV-2 y est originaire.

Trouver les origines du SARS-CoV-2

L’une des raisons pour lesquelles il a été si difficile d’établir l’origine du coronavirus est que les génomes viraux changent par un processus appelé recombinaison, plutôt que simplement par des mutations. La recombinaison virale se produit lorsque deux souches différentes infectent la même cellule hôte.

Comme ils se répliquent dans la même cellule, ils peuvent interagir, et la descendance virale qu’ils génèrent peut avoir des gènes des deux parents. Cela peut rendre difficile l’établissement de la lignée de ce virus.

“La recombinaison semble être importante pour l’évolution globale de ces virus”, a déclaré à MNT Spyros Lytras, un virologue évolutionniste de l’Université de Glasgow au Royaume-Uni.

« Donc, essentiellement, nous disons que ces virus changent tout le temps des morceaux de leur génome, et les nouveaux virus du Laos le mettent vraiment en évidence. Bien que [these viruses] se trouvent au même endroit, la même grotte essentiellement, ils ont tous des morceaux différents de leur génome qui ont différentes combinaisons de parties recombinantes.

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