COVID-19 : À quel point devrions-nous nous inquiéter de la variante AY.4.2 Delta ?

Un descendant de la variante Delta du SARS-CoV-2, qui est le virus qui cause le COVID-19, se propage rapidement en Angleterre. Cela a fait craindre que la nouvelle variante, appelée AY.4.2, puisse être en partie responsable du taux élevé d’infections au Royaume-Uni. Sur la base de ce que nous savons jusqu’à présent, cependant, il est peu probable que la nouvelle variante soit le principal coupable.

Au cours de la dernière année, l’évolution de nouvelles variantes de plus en plus infectieuses du SRAS-CoV-2 a alimenté une augmentation du nombre de cas et de décès de COVID-19 dans le monde.

Au Royaume-Uni, la variante Alpha a provoqué un pic d’infections au cours de l’hiver 2020, et la variante Delta a provoqué un autre pic au printemps 2021.

L’alpha était environ 50 % plus transmissible que les variantes antérieures du virus. Et des recherches non publiées de Public Health England ont montré que Delta a encore 64% de chances de plus d’être transmise au sein d’un ménage qu’Alpha.

Au cours des 28 derniers jours, le Royaume-Uni a enregistré l’un des nombres absolus de nouveaux cas le plus élevé de tous les pays, juste derrière les États-Unis.

Le nombre de nouveaux cas quotidiens par million de personnes au Royaume-Uni augmente fortement et est déjà supérieur aux chiffres aux États-Unis, en Allemagne, en France et en Italie.

Ainsi, l’annonce la semaine dernière de la UK Health Security Agency selon laquelle un nouveau sous-type de Delta – appelé AY.4.2 – se propage en Angleterre a fait craindre que cela ne fasse encore augmenter les taux d’infection.

L’agence a signalé que la variante représentait 6% de toutes les séquences génétiques du SRAS-CoV-2 au cours de la semaine commençant le 27 septembre 2021, la dernière semaine pour laquelle des données de séquençage complètes étaient disponibles.

La pression est “sur une trajectoire croissante”, a déclaré l’agence.

AY.4.2 pourrait être environ 10 % plus transmissible que la variante Delta d’origine, selon le professeur François Balloux, directeur de l’Institut de génétique de l’University College London (UCL).

Sur Twitter, le professeur Balloux a souligné que, pour l’instant, AY.4.2 semble être principalement confiné au Royaume-Uni et “reste exceptionnellement rare ailleurs”.

Mutations dans la protéine de pointe

La nouvelle sous-variante du virus se distingue par deux mutations dans sa protéine de pointe, appelées Y145H et A222V.

Cependant, aucune des deux mutations ne se trouve dans le domaine de liaison au récepteur, qui est la partie du pic qui se lie à un récepteur particulier sur les cellules humaines pour les infecter.

Cela suggère qu’il est peu probable que les mutations provoquent des augmentations importantes de la transmissibilité ou aident le virus à échapper au système immunitaire.

Dans une mise à jour sur Twitter, le professeur Balloux a écrit : « Même si AY.4.2 est véritablement [around] 10% plus transmissible, cela n’explique pas grand-chose de la récente augmentation des cas au Royaume-Uni”

Il a expliqué que si la nouvelle variante est 10% plus transmissible et a une fréquence de 10% dans la population, cela équivaut à seulement 1% de cas en plus tous les 5 jours.

En tant que tel, AY.4.2 n’aurait pas pu être à l’origine de la récente augmentation du nombre de cas au Royaume-Uni, a-t-il expliqué.

En d’autres termes, l’émergence d’AY.4.2 n’est pas comparable à l’émergence d’Alpha ou de Delta, en termes de transmissibilité accrue.

Dans une interview avec le Science Media Centre, à Londres, le professeur Balloux a déclaré :

“Ce n’est pas une situation comparable à l’émergence d’Alpha et de Delta, [which] étaient beaucoup plus transmissibles – 50 % ou plus – que n’importe quelle souche en circulation à l’époque. Ici, nous avons affaire à une petite augmentation potentielle de la transmissibilité qui n’aurait pas un impact comparable sur la pandémie. »

Événement Superspreader ?

La professeure Christina Pagel, directrice de l’Unité de recherche opérationnelle clinique de l’UCL, a souligné qu’un “événement de grande diffusion” – tel qu’un festival, un grand événement sportif ou une conférence internationale, telle que le G7 – aurait pu entraîner l’augmentation de la fréquence de la variante.

Selon ce scénario, la variante n’est plus transmissible mais s’est simplement retrouvée au bon endroit au bon moment pour se propager rapidement.

Le professeur Pagel a tweeté :

«Nous ne savons pas si elle est (un peu) plus transmissible que les autres souches Delta ou si elle vient d’être prise dans certains événements de super-épandage qui l’ont semée. Aucune raison de penser que c’est plus évasif sur le plan immunitaire et pourrait bien n’être rien. Quelque chose à surveiller mais pas à paniquer.

Cette semaine, le ministre de l’Intérieur britannique, Sajid Javid, a prédit que les nouvelles infections à travers le pays pourraient atteindre un record de 100 000 par jour pendant l’hiver.

Donc, si ce n’est AY4.2, qu’est-ce qui pourrait être à l’origine de cette forte augmentation ?

Le professeur Ravindra Gupta, spécialiste des maladies infectieuses et de l’immunologie à l’UCL, a déclaré à Medical News Today que l’une des principales causes de l’augmentation des taux d’infection en Angleterre est le grand nombre d’écoliers non vaccinés.

En outre, il a déclaré que le déploiement des vaccins de rappel dans le pays a été lent et que la proportion de personnes qui portent des masques en public est faible.

« AY4.2. peut avoir un petit avantage, mais c’est une distraction », a déclaré le professeur Gupta, membre du groupe consultatif sur les menaces de virus respiratoires nouveaux et émergents, qui conseille le gouvernement britannique.

Les masques restent vitaux

Il a souligné que quelle que soit la sous-variante particulière, Delta est beaucoup plus contagieuse que les variantes précédentes car elle peut même infecter les personnes vaccinées, puis se transmettre à d’autres.

Les propres recherches du professeur Gupta, récemment publiées dans Nature, ont révélé que Delta est six fois moins sensible aux anticorps neutralisants d’une personne qui s’est rétablie de l’infection, par rapport à la souche originale du virus.

Son étude a également suggéré que Delta est huit fois moins sensible aux anticorps d’une personne qui a été vaccinée.

Le professeur Gupta a expliqué au MNT que la variante Delta est si infectieuse que les anticorps sont incapables de protéger les surfaces muqueuses des voies respiratoires d’une personne contre la réinfection.

« La grande vitesse de réplication signifie que la personne vaccinée contracte une infection et peut la propager », a-t-il déclaré. “Par conséquent, les masques sont un élément essentiel de l’atténuation.”